El 25 de abril de 1998 la balsa minera de la empresa Boliden-Apirsa reventó con cinco millones de metros cúbicos de lodos tóxicos y aguas contaminadas en el municipio de Aznalcóllar (Sevilla), lo que provocó una riada cargada de metales pesados que desbordó el cauce del Guadiamar rumbo a Doñana, arrasando todo a su paso. Representantes de la ONG SEO/BirdLife indican que Doñana está en una situación crítica debido a la falta de gobernanza histórica, mala gestión hídrica y a los efectos del ciclo seco que dura diez años consecutivos. Desde entonces, Doñana ha sido afectada por graves amenazas que han conducido al humedal hacia un posible punto de no retorno.

La ONG SEO/BirdLife destaca que el mejor indicador de la degradación ambiental del espacio es la pérdida de biodiversidad y, en concreto, la evolución de las poblaciones de aves acuáticas. En este sentido, la organización publicó un informe sobre el estado de conservación de las aves acuáticas en Doñana que recopila y analiza las presiones y amenazas más relevantes que se ciernen sobre estas poblaciones y plantea una serie de actuaciones que, en opinión de SEO/BirdLife, permitirían mejorar el estado de conservación de las mismas. El informe pone también el foco sobre las graves amenazas que afectan a las aves acuáticas dentro de los límites del espacio protegido.

El informe incide, además, sobre la situación actual de las poblaciones de aves acuáticas comunes, para las que Doñana ha significado una de sus principales áreas de reproducción e invernada en Europa. En 2022 solo se han contabilizado 13 parejas reproductoras de la cerceta pardilla, en peligro crítico de extinción, que era ubicua en la antigua Doñana, con centenares de parejas, tanto que se la conocía como la reina de la marisma. Seis de los siete peores datos de reproducción para la espátula común del siglo XXI en Doñana han tenido lugar en 2012, 2014, 2016, 2019, 2020 y 2022. Además, el ánsar común ha pasado de superar los 40 000 ejemplares de forma habitual a marcar los registros más bajos de la historia, con menos de 10 000 ejemplares.

La ONG destaca que para recuperar los niveles de encharcamiento óptimos para la reproducción de las aves en la marisma en esta y en las próximas primaveras es preciso abordar el conjunto de problemas de forma coordinada e integral, considerando el escenario de cambio climático ya en marcha, de la mano de todas las administraciones, de los sectores productivos y con la necesaria participación de las comunidades locales que viven en, por y de Doñana. Se indica que es urgente recuperar el Plan Especial de Ordenación de los Regadíos en la zona norte de la Corona Forestal de Doñana, de 2014, que significó un positivo avance hacia la regulación de la deficiente ordenación territorial de las zonas agrícolas de la comarca, poniendo freno, parcialmente, a la ocupación de áreas forestales y a la extracción ilegal de agua. Por otra parte, la ONG apoya el Marco de Actuaciones para Doñana presentado por el Ministerio para la Transición Ecológica y el Reto Demográfico, al que debería sumarse un plan de ordenación y reestructuración de todo el sector agrícola del entorno del espacio natural protegido.